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这要从“京校外迁”说起。
原本，中国科学院只有一所直属高校，就是中国科学技术大学。
60年代末，由于面临北方强国的严重威胁，加上内部动乱，于是启动了“京校外迁”——将位于北京的重点高校迁往外地，其中就包括中国科技大学。
随着局势缓和，许多外迁的高校，又纷纷迁回北京，而中科大却没有回迁。
据说，中科大本来也想回迁，但是感念安徽省政府和人民的支持厚爱，于是放弃了——当年外迁的时候，包括河南、江西在内的许多地方都拒绝中科大落户，只有安徽省伸出了援手，不仅如此，在当时本省资源匮乏的情况下，各种资源优先供应中科大。在得知中科大准备回迁时，对其再三挽留。所以，中科大最终决定留在安徽。
但这导致一个问题，中科大和中科院相隔甚远，不便于管理，而中科大也逐步走向独立办学的道路，日渐摆脱中科院的控制。
鉴于此，中科院决定在北京另外组建一所高校，这便是“中国科学院大学”，为了与以本科教育为主的中科大区别，早期中国科学院大学只招收研究生，不过，近年来也开始招收本科生了。
所以，这两个学校，都是中国科学院直属高校，但各自独立。